Акционерное общество «Волга-Днепр» основано в августе 1990 года. На момент создания акционерами компании являлись: Ульяновский авиационно-промышленный комплекс им. Д. Ф. Устинова (ЗАО «Авиастар-СП»), машиностроительное КБ ЗМКБ «Прогресс» и АНТК им. О. К. Антонова (Киев, Украина). В начале 1991 года в эксплуатацию авиакомпании поступил Ил-76, а в августе — первый Ан-124, ставший впоследствии основным самолётом компании. В декабре «Волга-Днепр» зарегистрирована в Международной организации гражданской авиации (ИКАО), компании присвоен код VDA. «Волга-Днепр» была единственной авиакомпанией, чьи самолёты использовались для транспортировки грузов в Афганистан для сил ISAF. С момента начала кампании по свержению режима Талибан в Афганистане, авиакомпания принимает активное участие в гуманитарных операциях в стране. C 2006 года занимается транспортировкой грузов для NATO по контракту, заключённому в рамках соглашения SALIS (Strategic Airlift Interim Solution).